следующее противоречит друг другу:
ScriptAlias /libs/ "../libs"
<Directory "C:/www/libs">
...
...
Options +ExecCGI
...
...
...
</Directory>
См. эту ссылку: http://httpd.apache.org/docs/2.0/mod/mod_alias.html#scriptalias
Обе инструкции в основном одинаковы, за исключением что вам не хватает строки SetHandler в каталоге.
Попробуйте удалить строку параметров или добавить строку SetHandler в блок каталога и изменить ScriptAlias на псевдоним ...