ошибка файла ключей, которую Вы получаете, находится на временной таблице или восстанавливаемой таблице. Вы могли бы проверить свой processlist, чтобы видеть, есть ли у Вас некоторое очень выполнение больших запросов, работающее, который пытается сделать создать выбор временной таблицы * от чего-то;
Так как это-/tmp таблица, это должно быть удалено, когда поток, который создал его, завершается. Когда журналы открываются, действительно ли это - то же имя файла? или другое имя файла? Действительно ли возможно, что/tmp не установлен chmod 1777? или есть ли файлы там, что mysql создал, которые не имеют корректного uid:gid?
Все это может сделать модуль DHCPd для webmin.
Вы можете заблокировать webmin для определенных пользователей или группы могут получить доступ только к этой функции.