Согласно документации , раздел pre-stop выполняется только перед командой остановки, а не во время (горячего) перезапуска.
Description: Command executed when a job in running state gets stopped (initctl stop or stop on event).
В зависимости от того, что вы пытаетесь сделать, вам не удастся избежать такого поведения.