Вы могли также пропустить копию файла и удалить и сделать что-то вроде этого.
cat my_script.sh | ssh user@host bash
Я не уверен, как это возможно в ossec, но вы можете сделать это с помощью nxlog (отказ от ответственности: я участвую в проекте). Он может записывать поля в базу данных с помощью модуля om_dbi.