Как удалить MBR (Главная загрузочная запись) из файла изображения?

Попробуйте использовать dd с conv = notrunc

dd if=/dev/zero of=myserver.img bs=512 count=1 conv=notrunc

Из dd страница руководства

   notrunc
          do not truncate the output file

например

ls -l myserver.img
-rw-r--r-- 1 iain users 1536 Mar 27 12:31 myserver.img

dd if=/dev/zero of=myserver.img bs=512 count=1 conv=notrunc

ls -l myserver.img
-rw-r--r-- 1 iain users 1536 Mar 27 12:32 myserver.img