Некластеризованные индексы фрагментируются всякий раз, когда происходит разделение страницы; это происходит в основном при вставке непоследовательных данных, то есть не в порядке индекса (это случается иногда и при вставке в порядке индекса, но не так часто).
Рассмотрите возможность их восстановления с заполнением 50%, т.е. все текущие страницы будут оставить полупустым.
Это даст вам время, необходимое для удвоения индекса, прежде чем фрагментация снова станет проблемой.