Существует несколько способов сделать это, но я только что использовал тот:
Редактирование/etc/security/limits.conf ;)
Проверьте эту ссылку: http://www.gentoo.org/doc/en/security/security-handbook.xml?part=1&chap=5#doc_chap1
Кроме того, для понимания возможностей limits.conf, можно прочитать это короткое сообщение: http://www.cyberciti.biz/tips/linux-limiting-user-process.html
Я думаю, проблема в том, что клиенты FTP устанавливают время в файле без учета часового пояса. Об этом говорится в нескольких старых ссылках.
http://help.globalscape.com/help/cuteftplite8/conserve_local_file_time.htm
http://rhinosoft.com/Knowledgebase/kbarticle.asp?prod=rs&RefNo=1058