Я неопределенно не забываю иметь эту проблему также. Если я помню правильно, что Вы, возможно, должны были бы добавить запаздывание / к PHPIniDir
PHPIniDir "C:/php/"
Похож я должен был вручную создать python.load файл, странный. Так или иначе эти две команды зафиксировали его:
echo "LoadModule python_module /usr/lib/apache2/modules/mod_python.so" > /etc/apache2/mods-available/python.load
ln -s ../mods-available/python.load etc/apache2/mods-enabled/python.load
Вы включили mod_python.load в поддерживающем модификации? Можно сделать это, просто создав softlink в тот же файл в доступном модификациям.