inotifywait
сделает рекурсивные проверки.
Это находится в репозиториях Ubuntu.
Нет необходимости повторно выполнять sysprep этих машин. В блоге группы поддержки WSUS есть статья об этом с довольно коротким пакетным файлом, который должен решить вашу проблему.
Надеюсь, это поможет,
(Подпись для раскрытия информации) Дэвид Windows Outreach Team - ИТ-профессионалы
Вы не можете запустить Sysprep (или любую утилиту для изменения SID) на компьютере, присоединенном к домену, но вы сможете удалить его из домена, запустить на нем Sysprep и затем присоединиться это обратно.