Skype подобен P2P, очень трудно заблокировать его с помощью только iptables. Вы должны контроль layer7 (http://l7-filter.sourceforge.net/protocols)
Этот сценарий выполняется через веб-интерфейс? Если да, включен ли selinux? Вы можете проверить это, запустив getenforce.
Если selinux включен, вы можете либо разрешить ему доступ, настроив для этого соответствующий bool ( http://wiki.centos.org/TipsAndTricks/SelinuxBooleans ]) или отключите selinux в / etc / sysconfig / selinux