Когда Вы проверяете политику Локальной защиты (secpol.msc), под Локальными политиками, Параметрами безопасности, проверяете что Интерактивный вход в систему: Номер предыдущих входов в систему для кэширования (в случае, если контроллер домена не доступен) определяется к 10 входам в систему. Это гарантирует, что правильное значение реестра установлено (CachedLogonsCount, как упомянуто в комментарии).
Это было знать проблемой в VirtualBox, разрешенном путем установки Гостевых Дополнений на Виртуальной машине для управления TimeSync. Их была подобная проблема с VMware некоторое время назад также. Это - только одно из времен, о нем сообщили для VirtualBox.
Удостоверьтесь выполнение последних гостевых дополнений, и это - последняя версия, которой предоставляют версию VirtualBox.
Я не вижу, почему Вы не могли выполнить ntpd в системе или cronjob ntpdate для выполнения каждых двух или трех минут. Я помню дрейф часов, являющийся проблемой во многих продуктах VM в какой-то момент, и решение состояло в том, чтобы всегда удостоверяться, что и дополнения/утилиты и продукт VM были тем же уровнем.
Вы могли также видеть, если установка нового VM с обновленной версией Ubuntu влияет на дрейф часов вообще, или если существует что-то нечетное с гиперпоточностью в Вашей системе, или некоторое другое расширение процессора включило в BIOS.
Мой индивидуальный подход состоял бы в том, чтобы посмотреть на выполнение синхронизации времени от крона периодически, так как NTP может иногда перестать работать, не говоря мне или выполнять наугад времена, которые были бы большими, когда часы не скашиваются как безумный, но в этом типе ситуации... могло бы быть более удобно просто вынудить это последовательно работать. Ничего не повредит кроме жевания нескольких дополнительных циклов процессора.