Что вызывает необычное высокое среднее число загрузки?
Щелкните правой кнопкой по рассматриваемой папке и поднимите страницы свойств, выберите вкладку безопасности, нажмите кнопку Advanced, выберите вкладку Effective Permissions, обзор для рассматриваемого пользователя, это покажет Вам, какие полномочия пользователь имеет на папке. Оттуда можно диагностировать, где полномочия "идут не так, как надо".
Судя по всему, высокая загрузка ЦП, вероятно, была вызвана плагином Wordpress, генератором Google XML Sitemap. После его отключения средние показатели ЦП в основном падали. Тем не менее, аудит плагинов, чтобы удалить все, что может использовать слишком много ЦП.
I would expect the server has memory problems. This will result in the container having to wait for data to come from disk rather than buffers. If you have access to the server, try running vmstat on it rather than running it in the container. Memory management for virtual servers is dependent on the host server. The first thing I notices was no buffers, cache, or swap in your data. These are all important to performance.
Also check/have checked that there are no actual problems with the physical disk subsystems - a rebuilding raid, failed BBU, ailing single disk... can also cause similar symptoms
To see which process is causing high I/O, you can use dstat or iotop.
To see why php is crashing, when starting apache make sure that you run ulimit -c unlimited. Next time when php will crash you will have a core dump. Use bt command inside gdb to have a stack trace of the crash. E.g.
gdb /usr/bin/httpd core
(gdb) bt