В дополнение к превосходному списку Techboy:
Нет никакого способа гарантировать, что сделать процесс удаления для новой версии сделает правильную вещь с версией, которую Вы установили. Необходимо было бы также удостовериться, что Вы имели идентичный, настраивают опции с Вашей новой и старой версией. Риск, что это сделает неправильную вещь, является просто слишком большим, особенно при выполнении этого как корня.
Это - одна из многих причин, почему создание надлежащих пакетов для Вашей системы так полезно. Создание Debian или RPM-пакетов не трудно, и существуют инструменты как горячекатаный - делают, которые дают Вам 90% требуемой работы, специально для основанных на автоинструментах пакетов. Преимущества использования упаковки состоят в том, что, когда Вы обновляете, Вы знаете, что ни один из файлов от предыдущей версии не установлен и что Вы знаете, какие файлы пакет создал в Вашей системе. Вы также добираетесь для хранения знания того, как предыдущий пакет был создан и может повторить сборку с более новой версией. Если Вы компилируете из источника с помощью "./настраивать; сделайте; сделайте установку", там шанс, что Вы потеряете знание того, какие опции использовались, что обрабатывает Вас используемый, что исправляет Вас примененный.
Эти преимущества определенно стоят небольших инвестиций обучения упаковать Ваше собственное программное обеспечение.
Попытайтесь использовать что-то как checkinstall при принуждении установить из источника. (это может также создать rpm/deb пакеты),
Согласитесь с David Pashley, что создание надлежащих пакетов является лучшим способом.