Установите приложение менеджера в Tomcat 6

Текущие ответы достаточны - xargs, может перестать работать, если у Вас есть слишком много файлов, хотя - в этом случае Вам будет нужен некоторый цикл.

Также - при выполнении такого рода вещи это не плохая идея, вместо того, чтобы удалить, переместить файлы в другую папку, таким образом, можно вручную проверить, что некоторые странные имена файлов не сделали некоторую ошибку. Затем когда Вы уверены, что Вы хорошо, просто удаляете папку.