Используя ssh/scp/sftp лучшее предположение.
Но я рассмотрел бы зашифрованную файловую систему также.
У Вас есть по крайней мере две критических точки:
Шифрование может быть сделано как
Шифрование файловой системы:
Можно найти больше здесь: http://www.debianadmin.com/filesystem-encryption-tools-for-linux.html
Основанное на файле шифрование
Решение, которое я нашел, находится здесь:
Странно то, что виртуальный жесткий диск, который я удалил, чтобы разбить моментальные снимки, изначально был создан как независимый.
Тем не менее рад узнать лучшие решения.