Что вы делаете с данными в MySQL? Я не использовал кластеризацию MySQL несколько лет из-за той же проблемы, с которой столкнулись вы.
Думали ли вы что-нибудь еще для этой задачи, например, Кассандра, для ваших нужд? Намного проще обрабатывать большие объемы данных и легко масштабировать серверы для поддержки вашей рабочей нагрузки.