Можно попытаться создать внутреннее приложение с помощью инструкций в:
http://www.megapanzer.com/2009/08/04/watching-encrypted-skype-traffic-with-skypedllinjector/
Читайте больше на том сайте о скайпе.
Репозиторий EPEL и REMI содержит xdebug для php. Я предлагаю вам попробовать их вместо этого.
Их имя пакета: php-pecl-xdebug
, поэтому вы можете просто использовать yum install php-pecl-xdebug
Кроме того, для дальнейшего ссылка на доступность xdebug: http://pkgs.org/download/php-pecl-xdebug
pecl install xdebug
http://xdebug.org/docs/install
Начиная с Xdebug 0.9.0 вы можете установить Xdebug через PEAR / PECL. Это работает только с PEAR версии 0.9.1-dev или выше и с некоторыми UNIX.
Если вы хотите установить из RPM, то вопрос в том, откуда у вас PHP, из какого репо, поскольку CentOS не поставляется с версией 5.3.17.
В противном случае просто pecl install xdebug
, как указывали другие.