Рабочий сервер Node.js и пользователи Ubuntu
Я имел хороший успех с RT Лучшего Practical: http://www.bestpractical.com/rt/
Во-первых, никогда ничего не запускайте от имени пользователя root!
Теперь, когда у меня это исключено для сервисов поддержки приложений, таких как mongo и redis, каждая из них должна работать под их собственное имя пользователя (пакеты Ubuntu сделают это за вас)
Что касается конкретного приложения, такого как nodejs, это зависит от того, насколько параноиком вы хотите стать. Если у вас есть несколько отдельных приложений, которые необходимо изолировать друг от друга, я предлагаю иметь одного пользователя для каждого приложения, как вы упомянули. Если у вас работает несколько экземпляров nodejs, которые являются частью одного и того же приложения, вы можете рассмотреть возможность запуска их с одним и тем же именем пользователя для конкретного приложения.
Еще один последний момент, чтобы прояснить: если у вас есть несколько приложений, все поддерживающие службы, такие как mongodb, вы можете запускать отдельные экземпляры mongodb для каждого приложения или запускать один mongodb и вместо этого использовать его внутреннюю систему аутентификации для управления доступом. Я предполагаю, что в последнем случае накладные расходы на управление будут значительно сокращены.