Скрытые файлы поддерживаются, их рассматривают как системные файлы и скрыты от представления GUI. Apache все еще найдет .htaccess файл. Однако это - возможный апач, не настроен для использования .htaccess файлов.
В целом, .htaccess файлы используют тот же синтаксис в качестве основных конфигурационных файлов. То, что можно вставить эти файлы, определяется директивой AllowOverride. http://httpd.apache.org/docs/2.2/howto/htaccess.html