Я лично волновался бы о высоком использовании ЦП MySQL. вершина является только снимком хотя; если бы Вы видите CPU для mysql, последовательно привязанного в 50%, я выполнил бы некоторые шаги для проверки почему.
Загрузка имеет тенденцию расти экспоненциально. Время это взяло MySQL для достижения 50%, будет намного больше, чем время, которое требуется для удара 100
Проверяли ли вы журнал ошибок apache?
Если не изменено, по умолчанию в конфигурации apache разрешен доступ только к подкаталогам htdocs (корень вашего документа) и cgi- bin. Доступ ко всем остальным каталогам запрещен по соображениям безопасности. Вам придется добавить дополнительный блок разрешений для этого и любых других каталогов, к которым вам может потребоваться доступ.