Я использую dirvish для этого. В основном это - ряд сценариев обертки для rsync, который может сделать возрастающие резервные копии по ssh.
Вы не можете сделать это, если машина находится в рабочей группе. Если у вас есть домен AD, подумайте о добавлении к нему этого сервера. Это сделает вашу жизнь намного проще.