Возникла проблема с cfn-init, которая препятствовала правильному расширению загрузок, отправленных с Content-Encoding: gzip. Обновление до последней версии cfn-init устранило проблему.
см. Эту ветку: https://forums.aws.amazon.com/thread.jspa?threadID=111736&tstart=0