Смешанный Сервер среды Hyper-V 2008 и Сервер 2 008 R2 с VMM и VMM R2

Комбинированная среда, которую Вы описываете, является действительно поддерживаемой средой для VMM 2008 R2 (этот FAQ перечисляет поддерживаемые платформы виртуализации).

Я предложил бы рассмотреть шаги, обрисованные в общих чертах в этом сообщении в блоге на TechNet, чтобы удостовериться, что Вы ничего не пропустили (особенно обновление постобновления каждого из управляемых объектов с новым агентом).

Дополнительные детали относительно процесса обновления VMM могут быть найдены в Руководстве по развертыванию R2 2008 года VMM в VMM TechNet.