IIS действительно предоставляет подробное сообщение об ошибке, и 404 очень универсально. Если Вы могли бы предоставить еще некоторую информацию об ошибке, или снимок экрана поможет много.
Вы сказали, что у Вас есть рабочий веб-сайт SharePoint как родительский сайт, новое приложение в обработанном веб-сайте SharePoint не будет работать. Необходимо будет исключить папку через SharePoint для получения его работа.
РЕДАКТИРОВАНИЕ:
Я предлагаю, чтобы Вы создали новый appPool и затем изменили Ваши приложения appPool на новый appPool. Управляемый конвейерный режим Вашего appPool должен быть настроен Классику
Я нашел в базе знаний MSFT необходимую информацию.
Резюме: это возможно, но не рекомендуется от MSFT.