Определенно (для Linux) automysqlbackup
из http://sourceforge.net/projects/automysqlbackup/.
Для окон mysql сервер можно использовать инструмент запланированного резервного копирования из mysql приложения администратора.
Для MS SQL я использую сценарий SQL, выполняемый от запланированных задач. Вот хороший.
Для загрузки автоматически удаленно (из окон) на FTP-сервере, можно использовать Бросок.
Ваш профиль SELinux блокирует подключения к нестандартным портам. Вам нужно будет изменить набор правил, чтобы разрешить Tomcat на новом порте, если вы хотите продолжить работу в принудительном режиме.