Это походит на идеальное использование для апачских виртуальных сайтов. У Вас есть доступ к апачским конфигурационным файлам?
# Ensure that Apache listens on port 80
Listen 80
# Listen for virtual host requests on all IP addresses
NameVirtualHost *:80
DocumentRoot /wwwroot/
ServerName www.domainA.com
# Other directives here
DocumentRoot /wwwroot/domainb/
ServerName www.domainb.com
# Other directives here
Я исправил это, установив SuPHP, поэтому скрипт php запускается под пользователем, а не под www-data.