Я думаю в итоге сумма свободного места, которое Вы оставили бы, не будет стоить потенциальных проблем, которые это вызвало бы.
Конечно, это будет зависеть, на какой операционной системе Вы используете, локальны ли Ваши файлы или в сети, какое резервное копирование Ваше выполнение, что Ваше использование для шифрования и с каким регистрирует Вашу работу.
Основной проблемой была бы скорость доступа, в которой необходимо будет сначала распаковать, затем дешифруют и являются ли файлы большими или маленькими его попытка добавить процессы. Также Вы будете соединять риск отказа путем добавления процессов.
Наконец помните, что Ваше программное обеспечение дешифрования захочет дешифровать несжатый файл, таким образом, Вы могли закончить со сжатой и uncompressded версией, существующей одновременно, который возьмет дважды дисковое пространство в тот момент.
Так как Вы работаете.Net I принимают Windows и IIS и вероятно домен для аутентификации пользователя. Там что-нибудь мешает Вам включить безопасность каталога в IIS для обеспечения папок, где приложения живут? Пользователи могут затем использовать свои доменные учетные данные для входа в систему при запросе. Браузер и IIS обработали бы аутентификацию, прежде чем Ваше веб-приложение могло быть просмотрено.