Не должно быть потребности дефрагментировать образы дисков на стороне VMFS, но в VMs сами фрагментация может все еще быть проблемой.
Я нашел эту информацию, относящуюся к Ubuntu 10.04:
Конфигурация rsyslog по умолчанию для Ubuntu 10.04
После настройки моей конфигурации все начинает медленно работать.