Вы всегда можете изменить домашние каталоги один за другим:
cd /home
for user in *; do chown $user.$user $user -R; done
getfacl -R ... | setfacl --restore
может оказаться полезным.
Настроены ли пользователи в новой системе? Что значит «безрезультатно»? Сообщение об ошибке? Вы можете изменить владельца любого файла? chown user1 testfile
Предыдущая версия, но с вилками, все процессы chown будут работать параллельно после запуска.
cd /home
for user in *; do chown -R $user.$user $user&; done