Это обрабатывается модулем помощника. nf_conntrack_ftp помощник загружается? Ваши правила позволяют связанные соединения? Если оба этих условия применяются, необходимо смочь использовать активный FTP. См. http://www.faqs.org/docs/iptables/complexprotocols.html для понятий, которые применяются. Я полагаю, что модули были переименованы, так как это было записано.