Почему не просто используют svnFS. Это, в целом, что Вы ищете.
По крайней мере, это легче, чем миграция repo, законченного мерзавцу, только для использования фс мерзавца.
Обе стратегии примерно одинаково дороги. Часть VHDX действительно добавляет очень тонкий слой, но создание сети из родительского раздела Hyper-V по сравнению с работой в гостевом разделе будет немного дешевле, поскольку вы не выполняете виртуализацию сети для трафика iSCSI.
Однако стратегией VHDX управлять гораздо проще. Лично я бы выбрал простоту управления.