Это зависимо от установки, но большинство MySQLs, которые я видел, сохраняет базы данных под /var/lib/mysql, один подкаталог для каждой базы данных.
/var/lib/mysql
Добавьте секунду перезаписи, которая проверяет, существует ли страница.
RewriteCond ${REQUEST_FILENAME} !-f RewriteRule ^(.*)$ index.html [L]
Это будет работать в файле .htaccess или в контексте каталога.