Обновите PHP к последней версии из источника
Я столкнулся с подобной проблемой в прошлом с то же ТАК и версия SQL-сервера с конкретным DB. Моя проблема была связана с журналом транзакций, я должен был копировать/чистить его и также должен был освободить еще некоторое пространство в диске th и после того, как я действительно мог заметить производительность, повышающуюся снова.
Я не делаю knwow, если случайно это могло бы быть Вашей ситуацией.
HTH!
Если вы ищете обновленные пакеты PHP, вы можете посмотреть dotdeb , который является хорошо обслуживаемым репозиторием, содержащим последние двоичные файлы PHP. Однако он нацелен на Debian, поэтому вам нужно посмотреть, насколько хорошо он работает с вашей версией Ubuntu.
Этот другой вопрос по AskUbuntu также дает некоторые указатели на некоторые PPA, содержащие обновленные пакеты PHP5. .
Что касается вашего скомпилированного PHP 5.4.12, не используемого apache, вам, вероятно, нужно указать apache, какой mod_php использовать (новый, а не предоставленный Ubuntu). Посмотрите на свою конфигурацию apache инструкции вроде LoadModule php5_module и посмотрите, указывает ли он на самую новую версию.