Я чувствую себя довольно глупым теперь, но это: Почему htop показывает, что много процессов apache2 PS aux не делает? объясняет моя проблема.
Имеет все признаки неисправной оперативной памяти. Если раньше сервер действительно был в порядке, возможно, неисправна одна из новых флешек оперативной памяти. Проверьте память и замените все найденные дефектные.
Один из слотов RAM на материнской плате также может быть неисправен, но это легко проверить, просто повернув палки и повторив повторное тестирование.