Не должно быть никакой проблемы при всем выполнении его этот путь, но если Вам установили его как RPM-пакет знать, что, если некоторой причиной конфетка решает попытаться обновить этот пакет, это перезапишет Вашу текущую установку.
Пытаться проверить, за который можно попробовать следующее
Посмотрите, принадлежит ли phpmyadmin каким-либо текущим RPM-пакетам rpm -qf /usr/share/phpmyadmin/anyfilethere
Если это действительно принадлежит RPM-пакету, просто удаляют пакет, не удаляя содержание rpm -e --justdb [packagename]
Это удостоверится, что у Вас нет вида несчастных случаев в будущем