Можно использовать umask, устанавливающий для апача.
http://www.cyberciti.biz/tips/understanding-linux-unix-umask-value-usage.html
Файлами по умолчанию, загруженными с помощью Apache, будет interit установка umask сервера.
Но у Вас есть опция установить umask специально для Apache.
Проверьте этот https://stackoverflow.com/questions/428416/setting-the-umask-of-the-apache-user
Не судите просто по количеству байтов или пакетов - оставьте tcpdump
запущенным как на Dom0, так и на DomU, и вы, вероятно, увидите, что идет другой трафик, не связанный с IP. в каждом домене отдельно.