Действительно ли это - знак перестающего работать жесткого диска?

Двоичный пакет был создан Вашим поставщиком и обычно имел изрядное количество тестирования. Путем создания из источника Вы теряете большинство advtantages своей упаковочной системы, конкретно:

• Упаковочная система позволяет Вам проверить целостность установленных пакетов с помощью контрольной суммы.
• Упаковочная система знает о зависимостях между пакетами и может автоматически установить необходимое дополнительное программное обеспечение, чтобы заставить вещи работать.
• Упаковочная система позволяет Вам удобно удалить пакет, тогда как большинство исходных установок действительно не обеспечивает хороший механизм удаления.
• Используя средства пакетов очень легко установить более старую версию пакета существуют проблемы с новой версией.

Существуют, конечно, некоторые преимущества для создания из источника - например, можно потребовать другой конфигурации, чем обеспеченный в пакете поставщика. Однако, даже если Вы выбираете компилировать код локально, это - почти всегда лучшая идея создать пакет из него и установить его с помощью нормальных упаковочных инструментов по вышеупомянутым причинам (вместо выполнения make install непосредственно в Вашу файловую систему).

Что лучшая техника состоит в том, чтобы удостовериться, что не поставила под угрозу рабочий сервер из-за обновления?

Протестируйте обновления в своей среде разработки, чтобы удостовериться, что они работают как ожидалось прежде, чем развернуть их в Вашей производственной системе. Удостоверьтесь, что Ваша среда разработки точно отражает Вашу продуктивную среду.

Это верно независимо от того, как Вы принимаете решение установить обновленное программное обеспечение.