Хорошо это не была iptables проблема. Проблема состояла в том, что я использую m0n0wall в качестве маршрутизатора, и я настроил маршруты через m0n0wall. Так как m0n0wall продвигает эти маршруты через брандмауэр, "Обходные правила брандмауэра для трафика в том же интерфейсном" правиле должен быть позволен мешать m0n0wall остановить пакеты.
Проблема была очень похожа на: http://forum.m0n0.ch/index.php?topic=381.0
Звучит как проблема с arp, если его длинный vlan через vpn или аналогичный, вам может потребоваться добавить статические записи arp с эфирным адресом локального коммутатора.
arp -s <destination address> <mac address> -i <interface to go out via>
И если это исправление, вам нужно будет добавить это в команду для запуска скриптов.