Я совместно использую свою рабочую конфигурацию с Вами.

Удостоверьтесь, что Вы связали свои виртуальные хосты в поддерживающем сайты. Apache выполняет каждый поддерживающий сайты файл в алфавитно-цифровом порядке, так назовите свой сайт по умолчанию чем-то как с 0000 значениями по умолчанию, таким образом, он выполнится сначала. Это - сайт, на который должны обратиться Ваши пользователи, когда виртуальный хостинг перестал работать. Мой похож на это:

NameVirtualHost *

    <VirtualHost *>
            ServerAdmin contact-us@obscuredomain.com

            DocumentRoot /var/www/0000-default-site
            <Directory />
                    Options FollowSymLinks
                    #AllowOveride set to All for mod rewrite (default None)
                    AllowOverride All
            </Directory>
            <Directory /var/www/0000-default-site>
                    Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
                    AllowOverride None
                    Order allow,deny
                    allow from all
                    # Uncomment this directive is you want to see apache2's
                    # default start page (in /apache2-default) when you go to /
                    #RedirectMatch ^/$ /apache2-default/
            </Directory>


            ErrorLog /var/log/apache2/error.log

            # Possible values include: debug, info, notice, warn, error, crit,
            # alert, emerg.
            LogLevel info

            CustomLog /var/log/apache2/access.log combined
            ServerSignature On


    </VirtualHost>

Отметьте *NameVirtualHost ** директива. Важно, чтобы это было самой первой директивой в виртуальных конфигурациях. Таким образом, Вы помещаете его наверху с 0000 значениями по умолчанию и удостоверяетесь, что ничто иное не выполняется сначала.

Затем назовите свой первый виртуальный хост 0010-yourdomain.name и свою секунду 0020-another.name. Это - то, как мои virtuals смотрят (заметьте, что они немного отличаются от значения по умолчанию):

<VirtualHost *>
        ServerName www.lickmyquads.net
        ServerAlias lickmyquads.net
        ServerAdmin contact-us@lickmyquads.net

        DocumentRoot /var/www/lickmyquads.net/www/docroot
        <Directory />
                Options FollowSymLinks
                AllowOverride None
        </Directory>
        <Directory /var/www/lickmyquads.net/www/docroot>
                Options FollowSymLinks
                AllowOverride None
                Order allow,deny
                allow from all
        </Directory>

        #ScriptAlias /cgi-bin/ /usr/lib/cgi-bin/
        #<Directory "/usr/lib/cgi-bin">
        #       AllowOverride None
        #       Options +ExecCGI -MultiViews +SymLinksIfOwnerMatch
        #       Order allow,deny
        #       Allow from all
        #</Directory>

        ErrorLog /var/log/apache2/error.log

        # Possible values include: debug, info, notice, warn, error, crit,
        # alert, emerg.
        LogLevel info

        CustomLog /var/log/apache2/access.log combined
        ServerSignature On

        #Custom Error
        #ErrorDocument 404 /app/404.php
        #ErrorDocument 404;2 /app/404.php
        #ErrorDocument 404;3 /app/404.php

</VirtualHost>

Надо надеяться, этот рабочий пример помогает Вам уладить вещи. Если это не пытается выполнить команду apache2ctl configtest, чтобы помочь найти какие-либо синтаксические ошибки в Вашей конфигурации.