Событие Application_Start будет только сгенерировано однажды, в начале срока действия приложений. Connection_Abandoned_By_ReqQueue не что-то, о чем я услышал, но кажется, что веб-приложение делает что-то необычное в обработчике Global.asax для Application_Start.
Событие Application_End запускается из-за исключения, заставляющего приложение выходить; маркировка конца жизненного цикла приложений.
Я предполагаю, что Вы знаете о жизненном цикле приложения .NET ASP, поскольку он относится к IIS6 и IIS7, если нет:
IIS 6.0 - http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms178473.aspx
IIS 7.0 - http://msdn.microsoft.com/en-us/library/bb470252.aspx
Эти статьи могут помочь очистить любой беспорядок, если Вы не посмотрели на этот материал прежде.
Для решения вопроса я начал бы путем идентификации дающего сбой приложения. Если Вы можете, смотреть на обработчики Global.asax, иначе, проверку на обновления приложения.
Это мог также быть случай повреждения памяти согласно одному потоку, который я считал на исключении, которое Вы получаете, но я не уверен, где Вы начали бы заниматься расследованиями, если это так.