Путем Вы делаете его (один большой раздел, что Вы создаете массив mdadm из) нет никакого существенного различия, но так как Вы эффективно используете целый диск так или иначе, я сделал бы как предложенный Antonius Bloch и использовал бы целое дисковое устройство вместо того, чтобы создать раздел - это просто кажется более корректным мне для создания RAID с помощью полного физического устройства, а не блока его.
Если Вы создаете несколько разделов и настраиваете mdadm объемы через тех, можно на самом деле испытать снижение производительности (если Вы разделяете свои диски в половине, и один массив является первой половиной ряда дисков, и другой массив является второй половиной Ваших дисков, должен будет искать назад и вперед при чтении/записи на обоих дисках - главное время прохождения уничтожит производительность), но решение там не состоит в том, чтобы сделать этого :-)