Посмотрите на ваш yum.conf, особенно на строку 'excludes' в разделе [main]. В нем конкретно указан mysql *.
exclude: список пакетов, которые нужно исключить из обновлений или установок. Это должен быть список, разделенный пробелами. Разрешены оболочки оболочки с использованием подстановочных знаков (например, * и?).
Просто запустите
"yum install MySQL51-client.x86_64 "
и
"yum install MySQL51-server.x86_64"
yum clean all
yum list mysql mysql-server
В моем случае я использовал yum remove mysql mysql-server
. Мой VPS использует centos версии 6.5.
Я просто запустил сценарий cpanel upcp:
root@server [~]# /scripts/upcp
Он сработал для меня.