Используйте Storage vMotion, чтобы переместить его в другое хранилище данных в виде толстого нетерпеливого обнуленного VMDK, а затем переместите его обратно в исходное место как тонкий.
В этом ответе объясняется, как это сделать https://serverfault.com/a/487550/15008
Если вы используете сжатую файловую систему, например. ZFS или тонкое предоставление через nfs с последующим обнулением блоков может быть достаточно