Вы выполняете эти кроны с помощью wget? Я думаю, что необходимо отправить ответ команды wget к/dev/null с-O опцией.
Необходимо выполнить крон с этим:
wget http://mysite.com/phpfile.php -O /dev/null
Иначе wget запишет результат команды на phpfile.php, phpfile.php.1, etcphpfile.php.2, каждый раз, когда это работает. С/dev/null Вы отбрасываете ответ, и никакой файл не записан.
Непостоянное время? Предполагая, что часы движутся назад (может случиться с виртуальными хостами, особенно), и неправильное программирование может означать отрицательный временной интервал. Простая математика .... положительное деление на отрицательное - отрицательное.