Это зависит полностью от конфигурации демона ftp, работающего на Вашем сервере.
Вы могли настроить анонимный вход в систему общего каталога или позволить только реальным пользователям войти в свои учетные записи.
Проверьте свою документацию демона ftp.
rpm -qa | grep -i ftp
Нет возможности организовать их в папки. Однако, если вы проявите творческий подход к схеме именования, вам все сойдет с рук. ESXi позволяет виртуальным машинам содержать в именах специальные символы, поэтому вы можете добавить к имени префикс (например, ... (WEB) для веб-серверов или что-то в этом роде), чтобы оно появилось в определенном месте в списке.
vCenter определенно подходит, если у вас достаточно виртуальных машин, требующих организации.