Диагностирование спорадического отказа MySQL
Если у Вас есть веб-сервер, выходящий на установку Tomcat затем, это довольно выполнимо, просто не служите, файлы от того же Местоположения имеет экземпляр Tomcat, работает. Не настолько уверенный в Java, хотя снова, если у Вас есть веб-сервер, выходящий на сервлет вместо того, чтобы служить непосредственно от самого Java, такое перенаправление довольно возможно.
Это означает "неправильный номер файла": http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/operating-system-error-codes.html
По сути, сокет был недействительным, когда драйвер пытался с ним связаться. Обычно это проблема сети, но я видел только случаи, когда это происходило каждый раз, а не очень спорадически.
Если вы можете каким-то образом воспроизвести это, это пролило бы свет на причину, но поскольку ваше приложение работает, будет сложно отследить.
Обновлена ли ваша среда? Можете ли вы воспроизвести это и подтвердить ошибку?
Можете ли вы создать среду Ubuntu 12.04 и воспроизвести ошибку?
Если ответ на оба эти вопроса - «да», рассмотрите возможность регистрации ошибки на Launchpad или с помощью UnixODBC проект напрямую.