Количество рабочих процессов в двух пулах напрямую не связано. Вам необходимо установить время пребывания в каждом бассейне. Таким образом, если рабочие IIS заняты и лишь небольшая часть общего времени тратится на приложение COM, потоки COM вряд ли будут снижать производительность.
Попробуйте измерить количество активных потоков в стрессовой ситуации. чтобы определить, как контролировать размеры отдельных пулов.
Учтите также, что рабочие процессы IIS также повторно используются по критериям, отличным от использования процессора. Это может существенно повлиять на вашу способность обмениваться данными между вызовами и может помешать попыткам сильно повлиять на прямую производительность.
Лучше снизить затраты на выполнение. Мост из .NET в COM, учитывая тонкую оболочку COM, которая может агрегировать несколько запросов из одного запроса .NET. Это также может иметь побочный эффект в виде объединения нескольких методов COM в один поток из пула.