Если вы собираете apache самостоятельно и хотите, чтобы с ним скомпилировалась оболочка suexec, вам необходимо добавить ее перед компиляцией в параметры конфигурации: - enable-suexec
.
Проверьте http://httpd.apache.org/docs/2.2/suexec.html#install
Если вы просто скомпилируете и установите снова, только новый apache должен быть перезаписан.