Настольное мерцание Причин Приложения RDWeb
Хорошо, во-первых нет такой вещи как основной и вторичный контроллер домена в Active Directory, это - мультиосновная установка, и все контроллеры равны. Некоторые будут содержать роли FSMO, что другие не будут, но это - это.
В ответе на Ваш вопрос, если Вы смотрите в Пользователях Active Directory и компьютерах и входите в папку "Domain Controllers", Вы будете видеть все контроллеры домена в своем перечисленном домене. Можно просмотреть то, по чему ОС установлена на них путем двойного щелчка по ним и движения во вкладку операционной системы.
Я не могу комментировать, поэтому это входит в ответ.
Использует ли ваше приложение .net WPF? Единственный раз, когда я видел проблемы с мерцанием экрана на платформах RDS, была ошибка в службах терминалов Server 2003. Использование WPF в QuickBooks вызвало его случайное мерцание, как вы описываете. В этом случае это было из-за проблемы с разрешениями на сервере 2003, из-за которой пользователи без прав администратора испытывали мерцание. Microsoft выпустила исправление для этой проблемы.
Windows Presentation Foundation может быть источником вашей проблемы. Либо в том виде, как это реализовано в коде приложения, либо при выполнении на сервере 2012.