Это, кажется, спросили и ответили здесь: http://forums.iis.net/t/1163078.aspx
Я сам разобрался. Это связано с тем, что сопоставление iisclientcertificate не выполняется, если поставщик сертификата, субъект находятся в строке в кодировке UTF8. Это известная проблема с IIS 7 и 7.5.
Существует исправление от Microsoft, которое исправляет это. Взгляните на статью базы знаний 2597665: